Cuối tháng 4 năm 1288, bị phản công, quân Nguyên tháo chạy về nước. Khi xét thưởng, Lý Thị Châu được truy tặng là Quản trưởng quốc khố công chúa, và cho lập đền thờ bà ở Giảng Võ (Hà Nội) và các làng ở Diễn Châu (có cả thảy 22 nơi lập miếu thờ), tức nơi bà cùng chồng đóng quân khi xưa.

Quyển Thần phả lưu giữ ở đình Giảng Võ chép về bà như sau, trích:

Bà sinh ra ở phường Võ Trại. Bà là một bậc thần nhân...Bà nhập học ở nhà tiên sinh phường Bích Câu – Trường An. (Bà) văn võ toàn tài, đời vua Trần Thái Tông, Trần Nhân Tông, bà kiên cường chống quân ngoại xâm xâm chiếm nước Nam...(Bà) có nhiều công lao với đất nước.Bà được phong là Chủ Khố Phu Nhân...nhà vua truyền dựng đền thờ Bà ngay trong khu kho để nước nhà thờ cúng...lại truyền cho phường Võ Trại tu sửa lại cung doanh để thờ tự, lấy nơi ở cũ làm đền thờ chính. Còn nhiều nơi cũng được lập thờ Bà...Bà được cấp 13 đạo sắc phong.

Đình thờ Bà Chúa Kho ở Giảng Võ tọa lạc tại ngõ 612 đường Đê La Thành (phường Giảng Võ, quận Ba Đình, Hà Nội), và đã được xếp hạng di tích lịch sử năm 1994. Ngoài ngôi thờ chính này và các ngôi thờ ở Diễn Châu, còn có hai nơi khác thờ vọng Bà, đó là đình Ngọc Khánh và đình Hào Nam. Hàng năm, vào ngày sinh và ngày mất của Bà, các nơi thờ phụng Bà đều có tổ chức lễ kỉ niệm.